Sur le plan comptable, les coopératives agricoles doivent tenir une comptabilité précise et transparente, enregistrant les transactions liées aux apports des coopérateurs, aux achats de matières premières, aux ventes de produits finis, ainsi qu’à la répartition des résultats. La gestion des stocks, des avances sur récoltes et des avances sur produits constitue également un enjeu majeur dans ce secteur.
Du point de vue fiscal, les coopératives agricoles bénéficient de régimes spécifiques. Elles peuvent, par exemple, opter pour le régime de la coopérative d’utilisation de matériel agricole (CUMA) pour bénéficier d’avantages fiscaux. De plus, elles peuvent profiter de dispositifs tels que le remboursement partiel de la taxe intérieure de consommation sur les produits énergétiques (TICPE) pour réduire leurs charges.