Au moment de leur création, les SAFER avaient pour mission d’installer les jeunes et de réorganiser des exploitations agricoles dans le cadre de la mise en place d’une agriculture plus productive.

Aujourd’hui, leurs missions ont fortement évolué et se concentrent sur quatre missions : dynamiser l’agriculture et la forêt, accompagner le développement local, participer à la protection de l’environnement, assurer la transparence du marché foncier rural.

Chargées de missions d’intérêt général , les SAFER sont des sociétés anonymes, mais à but non lucratif (sans distribution de bénéfices). Placées sous le contrôle des ministères de l’Agriculture et des Finances, leurs actions relèvent des tribunaux judiciaires (tribunaux de grande instance, cours d’appel et Cour de cassation). On recense une SAFER par région. Lors de leur création, le législateur n’avait imposé aucune forme juridique. Pour des questions d’organisation et de fonctionnement, le choix de la société anonyme a été unanime. Les SAFER dépassant les seuils légaux – récemment modifiés par la loi du 22 mai 2019 relative à la croissance et la transformation des entreprises dite Loi PACTE – sont tenues de nommer un commissaire aux comptes.